远在辽东的孙承宗，不再挂兵部尚书衔，朱由检另行下旨，将他从“蓟辽经略”升为“蓟辽总督”，继续统一管理辽东前线的一切军政要务。
由于上一任内阁成员全部是阉党成员，不能完全代表朝廷的意见，朱由检决定，暂时撤销内阁。
没有了内阁，六部将直接置于朱由检的管理之下，而且，没有内阁的封驳，朱由检可以随意下达圣旨。
六部尚书中，黄立极原来是首辅，暂时统领六部，算是第一尚书。
在六部尚书的人数分配中，黄立极、李春烨原属阉党成员，毕自严属于中立派，而王永光、乔允升、李长庚都是东林党人，或者是亲近东林党的“反魏派”，东林党暂时占优。
在六部的权力划分上，吏部尚书、刑部尚书这些手握实权的都是东林党人，但掌握兵权的却是来自阉党的李春烨，同样来自阉党的黄立极，虽然是礼部尚书，实权不大，不过他被朱由检钦定为六部尚书之首，因此，阉党和东林党基本打成平手。
就在绝大部分朝臣还在判断本人和本党的得失时，朱由检发话了：
“如今新的朝廷已经诞生，众爱卿应当团结互助，为大明的社稷和大明的发展贡献自己的睿智。”朱由检话锋一转，“纵观历史，党争乃是亡国之道，今后，朝堂内外，如果再出现党争，那你们就等着致士吧！”朱由检的目光从六部尚书的脸上一一扫过。
“臣等恭听圣谕，绝不党同伐异。”朝臣齐齐跪倒在朱由检的面前。
“众卿平身。”朱由检待大臣们都站起身，“现在每月只有初一、十五朝会，你们回去后，平时要做好各自的本质工作，但也不得干涉别人的正常工作。”
“是，陛下，臣等领命。”
朱由检向曹化纯使个眼色，顿时，曹化纯尖利的嗓子充斥大殿：“散——朝！”
大臣们还要考虑自己的得失，很多事情都还没想清楚，谁都希望早点回去盘算盘算，就连问问朱由检什么时候开始正常朝会
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