子已经开始发挥作用，慢慢进化出了人类，人类在南极发现了假死状态的亚当，因为地球上所有生物都拥有亚当的生命因子（亚当的生命因子加强的是整个星球的进化速度，但只有进化的最强的生物在灭绝后才能变成生命之果），引发了亚当的苏醒，造成了第二次冲击，但区区一支科考队的人类的生命因子并不足以完全复活亚当，亚当只能被迫退化到胚胎状态，最后被人类封印在树脂之中，而在这个过程中，亚当也强行催化出了第十五颗生命之果——也就是后来的渚薰，因为这颗生命之果先天不足（没有集合一个种族，仅仅吸收了科考队那几个人），因此孵化出的个体能够保持自我。
后来，人类发现了莉莉丝的残躯，并获知了莉莉丝的计划【死海文书，个人认为死海文书是一道精神意念而非真正的文字】，企图通过人类补完让全人类逆袭莉莉丝，获得永久生命的同时，也不再有任何隔阂，具体方法是通过类似妊辰的作用，让全人类的人类意识汇于一体，以莉莉丝为母体，诞生而出，取代莉莉丝掌握生命之树和黑之月，进行宇宙旅行。
而这个计划的重点，就是人类补完计划的主导权。
因此，人类效仿第十五颗生命之果的事件，从莉莉丝体内提炼出了智慧因子（因为没有智慧树，所以只是因子，肉体需要人工培育），并孕育出了绫波丽，而作为祭品的就是碇真嗣的母亲碇唯。同样也用生命之果和智慧之果的技术培育出了eva，同时亚当胚胎也作为保险被植入碇源堂的手背。
随后，所有生命之果的置换完成，并逐渐开始孵化，按照生命之树的规则，进行如同养蛊般的战斗，并寻找亚当（当然了，此时因为体内因子的关系，找的实际上是莉莉丝）。
人类按照计划，成功战胜了所有使徒，并获得了与莉莉丝融合的权利，因为碇源堂手上拥有亚当胚胎并掌握着绫波丽，本应作为融合的主体，但初号机通过吞噬力天使，十分凑巧的拥有了亚当和莉莉丝的因子，使得碇真嗣同样具备这个资格，最后绫波丽选择了
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