汉末之时脱胎于道教的五斗米教，太平教类似。
然和太平教一样，到后来，白莲教就变味了。
孟元统一中原后，白莲教受到朝廷的支持，进入全盛时期，庐山东林寺和淀山湖白莲堂也成为了白莲教的两大中心。
这时的白莲教以普化在家清信之士为号召，形成了一大批有家室的职业教徒，称白莲道人。
因其在家出家，而不剃，不穿僧衣，又被称为不剃染道人或有僧。
这一时期白莲道人组成的堂庵遍布南北各地，聚徒多者数千，少者几百，有时尽然可以汇集近万人，规模堪与佛寺道观相比。
堂庵供奉阿弥陀佛，观音，大势至等佛像，上为皇家祝福祈寿，下为地方主办佛事，也有一些修路筑桥之类的善举。
堂庵多拥有田地资产，主持者往往父死子继，世代相传，堂庵的财产实际上是主持者世传的家产，有些头面道人勾通官府，交结豪强，逐渐成为地方一霸。
经过长期流传展，白莲教的组织和教义都起了变化，戒律松懈，宗派林立，有的教徒甚至夜聚明散，集众滋事，甚至有些开始武装反抗元廷统治。
至大元年，蒙元忌惮白莲教势力过大，下令禁止，至此白莲教教徒开始对官府和蒙元抱有敌意，加之其信徒以底层百姓居多，大多目不识丁，又生活艰辛，故而当那场暴风雨来临，黄河决堤，以及那莫道石人一只眼，此物一出天下反的石头人像现世之后，一些白莲教组织成为率先反元的力量，红巾大起义至此爆。
领导人韩山童，刘福通，徐寿辉，邹普胜等都是白莲教徒，他们以明王出世和弥勒下生的谶言鼓动那些底层百姓，一时波及了整个大江南北，群雄并起，朱元璋也在这个时期开始慢慢积蓄力量，最终建立明朝。
明朝建立后，虽然朱元璋起身红巾军，但对白莲教同样采用了严禁的态度，故而几乎是明朝刚一建立，白莲教也开始蠢蠢欲动，洪武，永乐年间，四川，江西，广东，山东，湖广等地多次生
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